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神经医学中心是医院重点打造科室之一。引进优秀专家团队和先进手术设备，结合医院肿瘤特色治疗，通过多学科协作机制（MDT)，为神经系统肿瘤、疾病、创伤患者提供急救、诊断、治疗（手术）、康复、健康指导“一体化”专业服务。目前科室有教授、主任医师2名，副主任医师2名，主治医师4名。科室童建国主任为陆军军医大学西南医院退役专家，毕业后一直在重庆西南医院、肿瘤医院等三甲医院工作，拥有30余年神经外科临床诊疗经验。科室其他成员均来自陆军军医大学大坪医院、北京三博脑科医院等知名医院，对神经系统疾病有丰富的诊治经验。
科室开放床位100张，NICU床位7张；配备西门子Artis one DSA全脑血管造影机、PET/CT、256排及64排螺旋CT、3.0T MRI、陀螺旋转式钴60精确放疗系统、医科达直线加速器等大型医疗设备；拥有德国ZEISS S88自动聚焦显微镜、神经外科手术机器人、STORZ高清神经内窥镜、Doro手术头架及脑自动牵开系统、美国美敦力开颅动力系统、蛇牌N160脑科专用双极电凝、神经外科显微手术器械等专科设备。科室应用先进的神经显微镜、内镜、血管成像、神经电生理调控和生物医学工程技术，实现了对神经系统疑难危重病例的微创、精准化和个体化综合治疗，是重庆西部城区集神经系统之脑、脊髓、周围神经和脊柱疾病预防、诊断、手术、治疗（含放化疗）、功能康复为一体的大型综合性神经医学科，包括神经内外科、神经重症（NICU）、电生理室。
神经内科
•脑血管病（脑梗死、脑淀粉样变血管病等）
•中枢神经系统感染性疾病（病毒性脑炎、结核性脑炎、神经梅毒、自身免疫性脑炎等）
•中枢神经系统脱髓鞘疾病（多发性硬化、视神经脊髓炎）
•运动障碍疾病（帕金森病、肌张力障碍）
•癫痫、痴呆（老年性痴呆）、头痛（偏头痛）
•头晕与眩晕（耳石症、梅尼埃病、前庭阵发症）
•脊髓疾病（急性脊髓炎）
•周围神经疾病（急慢性格林-巴利综合征、三叉神经痛、面神经麻痹、面肌痉挛、前庭神经元炎）
•神经-肌肉接头（重症肌无力、周期性瘫痪、多发性肌炎、线粒体肌病等）和肌肉疾病、睡眠障碍等
神经外科
•颅脑肿瘤（神经胶质瘤、脑膜瘤、颅咽管瘤、垂体瘤、神经鞘瘤、转移瘤、胆脂瘤等）微创/显微手术
•脑血管病（颅内动脉瘤、动静脉畸形、海绵状血管瘤等）手术及介入治疗
•脑出血内镜微创及显微手术治疗
•缺血性颅内疾病（脑梗塞、烟雾病、脑供血不足）手术（减压、搭桥）及介入（取栓、溶栓、支架）治疗
•神经功能性疾病如三叉神经痛、面肌痉挛的微血管减压、球囊压迫术；脑积水的造瘘、转流手术；
•药物难治性癫痫、帕金森氏病及顽固性疼痛手术治疗
•脊髓脊柱肿瘤及创伤的显微手术
•各种类型颅脑外伤手术包括硬膜外、下、脑内血肿清除手术
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